Научно-образовательный Центр евразийской интеграции при МПА ЕврАзЭС (ЦЕИ) был создан в 2012 году как структурное подразделение Университета в рамках Соглашения о сотрудничестве между высшим учебным заведением и Секретариатом Межпарламентской Ассамблеи Евразийского экономического сообщества.
Основными целями ЦЕИ являются координация, обеспечение и проведение фундаментальных, прикладных исследований и иных наукоёмких работ, создание научной и образовательной базы, связанных с деятельностью Университета при МПА ЕврАзЭС. Центр евразийской интеграции ставит целью решение таких задач, как получение новых научных знаний, выполнение совместных НИР и использование их в деятельности ЕАЭС и научно-образовательной деятельности Университета и его партнёров; эффективная интеграция потенциала Университета при МПА ЕврАзЭС, иных высших учебных заведений, исследовательских учреждений и инновационных структур, нацеленная на развитие деятельности ЕАЭС по расширению и углублению интеграционных процессов в евразийском пространстве; создание индивидуальной системы подготовки высококвалифицированных кадров для евразийского пространства, способных работать в междисциплинарных областях науки, владеющих фундаментальными знаниями в области евразийской экономики, юриспруденции, образования, культуры, использующих современные информационные технологии и опирающихся на традиционные ценности; активное развитие издательской деятельности; организация и проведение научно-организационных мероприятий с целью развития деятельности по расширению научно-образовательного евразийского пространства; развитие информационных технологий в научном, производственном и образовательном процессах, как единой информационной базы в сфере науки, высшего образования и практической профессиональной деятельности для формирования евразийского информационного пространства; т.д.
За прошедшие годы ЦЕИ выступал одним из главных организаторов Евразийского научного форума, поддерживал осуществление международных издательских проектов, стимулировал научно-исследовательскую деятельность обучающихся.